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通过对生物制药企业技术创新三阶段影响因素的分析，建立了基于熵的模糊决策分析模型。利用问卷调查和专家打分方法形成决策的原始数据，结合模糊数学和熵的思想，以条件熵度量分析目标的相对重要性，运用双基点法建立了生物制药企业技术创新决策的定量分析方法，以此确定各方案的优劣顺序。最后，通过项目实例验证了方法的有效性。