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采用2015—2019年中小板上市企业面板数据,实证检验政府补助对中小企业研发投入的影响,并基于融资结构视角,进一步应用动态面板门槛模型研究发现:政府补助能够显著促进企业研发投入,且由于财务冗余以及资金使用偏好等因素的存在,该影响表现出滞后性与门槛异质性特点。当内源融资水平低于或等于0.353、债权融资水平与股权融资水平分别处于20.938—30.728、-0.357—14.489区间时,补助效果最佳。据此提出完善监督机制、优化补助政策、加大资本市场改革力度等提高政府补助使用效率的相关建议。