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针对一台用于加速器驱动洁净核能源系统研究、高占空比的强流质子加速器,开展强流质子加速器时序控制系统的研究工作。强流质子加速器时序控制系统提供加速器开机运行过程中所需要的触发信号和时钟信号,该系统的准确性和稳定性对于整个直线加速器的正常运行有重要的影响。介绍了基于ALTERA公司Cyclone III系列FPGA串口通信硬件电路的设计、下位机串口通信驱动程序及功能模块的编写、LabVIEW上位机人机界面的实现。通过联机测试结果表明,该系统满足了强流质子加速器对时序控制系统的要求。