【目的】探讨学术论文网络首发中存在的困境，并提出解决路径，为期刊编辑部提供参考。【方法】在与传统出版流程对比的基础上，以中国知网学术期刊网络首发出版发布系统为研究对象，从期刊编辑部、作者、网络出版商和期刊管理部门的角度，分析学术论文网络首发过程中存在的困境，并寻找解决困境的方法。【结果】学术论文网络首发的困境主要体现在：网络出版商、期刊编辑部和作者三者之间的利益之争，网络出版权及其利益的高度垄断制约着期刊的发展；期刊管理政策与网络首发的内在要求之间的不匹配；现代期刊编辑角色转型带来的编辑角色失调；首发论文的校对标准之争；网络首发论文的认证、引用、评价和撤稿问题；网络首发可能导致论文多个版本共存，容易引起阅读障碍；纸刊存在价值的争议。【结论】要破解网络首发(网络出版)的困境，最终需要平衡网络出版商、编辑部和作者之间的利益；期刊编辑需要转变为全能编辑；建立基于单篇论文网络首发的期刊出版新模式；实行以网络首发或纸刊出版为最终出版模式的单轨制出版；国家改革网络首发模式下的期刊管理办法，重点监管网刊。