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针对阵列天线端数字采样时钟的同步问题,提出一种高精度的时钟同步算法。在PTP同步协议的基础上,通过对时钟脉冲的上升沿和下降沿检测提高时间戳精度。基于FPGA设计了以双边沿检测算法为核心的时钟同步电路,并搭建仿真平台对算法进行验证。仿真结果表明,该算法能对短波阵列天线输出的阵列信号进行高精度的同步采样。