起于小指外侧端(少泽穴)，沿手背、上肢外侧后缘，过肘部，到肩关节后面，绕肩胛部，交肩上(大椎穴)前行八缺盆，络心，沿食道，穿过膈肌，到达胃部，下行，属小肠。本经脉一分支是从缺盆出来， 沿颈部上行到面颊，至目外眦后，退行进入耳中(听宫穴)。另一分支是从面颊部分出，向上行于眼下，至目内眦(睛明穴)交于足太阳膀胱经。
　　该经脉腧穴有少泽、前谷、后溪、腕骨、阳谷、养老、支正、小海、肩贞、天宗、秉风、曲垣、肩外俞、肩中俞、天窗、天容、颧髎、听宫等共19穴，左右合38穴。
　　
　　主治疾病
　　
　　小肠经主治的疾病包括：神志病，液病(口干、产后缺乳、盗汗)，疮疡痈肿(乳腺炎、咽喉炎、结膜炎)，头面部疾病(耳鸣、耳聋、鼻炎、头晕、头痛、面瘫、视物不清)，手臂内侧疼痛麻木。
　　
　　主要穴位
　　
　　后溪　它的功能很强大，按摩又极为方便，位置在手掌感情线小指侧尽头处，可握拳取穴。后溪穴为小肠经的“俞木穴”，俞主“体重节痛”，因此此穴可治腰膝痛、肩膀痛、落枕。叉因后溪是八脉交汇穴，通督脉动，督脉人脑，所以又治后头痛、颈椎病和神志病。此穴还有个特殊的功效，就是可以治疗麦粒肿，但最好用艾灸的方法，可做成麦粒大的艾柱，用凡士林粘在后溪穴点燃，通常连灸三柱就会有效，病在左取右后溪，病在右取左后溪。灸后一天，麦粒肿通常可自行消退。
　　养老　听这个穴名，就可以猜到它的用途。此穴对许多老年病有很好的疗效，可治疗眼花目暗，眼睑下垂，听力减退，肩酸背痛，起坐艰难，脚步沉重，此外还有降血压的功效。此穴在手腕上(小指一侧)。取穴有一个窍门，先掌心向下，用另一手食指按住腕上尺骨小头最高点，然后再将掌心面向自己胸口，另一手食指本来按在骨头上，这一转掌，发现食指已经按在了骨缝中了，这个穴正在骨缝中。
　　支正　它在养老穴直上4寸处，是专门治疗扁平疣的。《景岳全书》上说：“正虚则血气不行，大则为疣，小则为痂疥之类，用灸法常效验。”可选择上面灸后溪穴的方法，用艾柱每日灸5柱，可连灸一周。
　　天窗　“天”指头部，“窗”指孔窍。这个穴最善开窍醒神。目窍开则眼明，听窍开则耳聪，鼻窍开则神怡，所以此穴是伏案工作者每天必按的法宝。天窗穴非常好找，在耳颈外侧部，胸锁乳突肌的后缘，与喉结处相平。点按此穴，通常酸胀感能窜到后背，顿时会觉得遍及有轻松之感，所以此穴还是预防颈椎病的要穴。诸位经常坐在电脑旁的朋友，可经常按按此穴。
　　颧髎　该穴在外眼角直下，颧骨最高点下缘的凹陷中。这个穴位具有清热消肿、牵正镇痉的效果，可以治疗面瘫引起的口眼歪斜、面肌痉挛引起的面部肌肉和眼睑不自主跳动、牙疼等疾病。在冬季寒冷季节，以及夏季吹风扇或空调后引起的周围性面瘫较常见，当患有该病时，可以配合此穴位艾灸或按摩，可以起到促进局部肌肉功能恢复的作用。对于面肌痉挛的患者，也可以在该穴处艾灸可以缓解局部肌肉的紧张，起到镇痉的效果。
　　
　　生活保健
　　
　　未时(13点至15点)，手太阳小肠经最旺，小肠泌分清浊，把糟粕送人大肠，把水液归人膀胱，把营养精华上输给脾。小肠经在未时对一天的营养进行调整。小肠气不足者，可在小肠经旺时，补小肠阳气；小肠实热者，可在小肠经旺时，滋阴清热消咳降火。