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本文基于中国金融市场化改革滞后性的典型事实,利用金融要素扭曲指数及中国高技术产业1999-2009年省际面板数据,采用GMM动态面板方法,实证检验了金融要素扭曲对企业创新投资的影响及地区差异。研究表明,金融要素扭曲显著抑制了中国高技术企业创新投资的增长,且这种创新抑制效应在金融要素扭曲程度越高的地区越发明显。进一步运用面板门槛模型研究发现,在地区经济发展水平、产权结构状况、财政收入水平与对外开放程度的不同门槛值区间,金融要素扭曲对高技术企业创新投资的影响程度和方向都存在着明显的差异。本文结论不仅从金融要素扭曲的视角,解释了转型时期中国地区高技术企业普遍面临的创新活动融资困境,而且为理解金融要素扭曲抑制企业创新投资的微观传导路径提供了经验证据。