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根据相同立体结构中的各部分只需一个旋转矩阵就能将两者叠合在一起的基本原理，对原有的结构比较方法作了改进，使其比较速度得到很大提高。尤其是对相似蚤白质结构的比较，速度的提高更为显著。由于在蛋白质天然构象的一致性分析中，模型结构之间的比较是其计算时间的瓶颈，因此毒法对提高一致分析方法的计算效率有着重要的意义。