不少乙肝患者经过正规抗病毒药物治疗，乙肝病毒 DNA转阴，肝功能恢复正常。可是好景不长，过了一段时间后，乙肝病毒 DNA再次转阳，肝功能再次异常，令患者惊恐不安。
　　出现这种情况的原因很多，有些是在治疗过程中病毒发生变异，出现了耐药情况，病毒变异株的出现，使得现有的药物无法发挥“震慑”作用，病毒又活跃起来；还有个别患者自觉治疗效果好，身体没有不适感觉，便自行停药。此时治疗周期不到，疗程不满，停药后发生了病情反弹。
　　病毒耐药后发生反弹的原因很好理解。那就是病毒对治疗药物产生了耐药性，治疗药物不能有效抑制病毒复制，使病毒重新活跃起来。因此，病毒耐药后反弹只会出现在治疗过程中，而不会发生在停药以后。此时，医生必须通过改变治疗策略，加用或换用其他敏感的抗病毒药物治疗，才能使病人恢复健康。
　　停药时间过早导致反弹的原因，是病毒尚未达到彻底抑制。目前我们采用的乙肝病毒 DNA检测方法，只能检测到500个拷贝每毫升或1 000个拷贝每毫升以上的病毒DNA。因此，在抗病毒治疗后，血中的病毒复制量在小于500个拷贝每毫升或1 000个拷贝每毫升时，就检测不到了。但实际上病毒还在体内少量复制，一旦失去抗病毒药物的抑制，病毒就会重新复制起来，导致疾病复发。
　　即使是坚持完整的治疗周期，而且疗效好，乙肝病毒DNA持续阴性，乙肝病毒“大三阳”已经转为“小三阳”者，停药1年以上后，也会有少数患者出现病情复发。其原因是肝組织细胞核内仍有潜伏很深的病毒复制模板未被清除干净，停药较长时间后，病毒复制导致病情复发。
　　乙型肝炎停药后反弹一般发生在停药后1年以内，最常发生在停药后的4个月至半年。因此，医生常常告诉病人，在乙肝病毒 DNA转阴后也不能马上停药。“大三阳”的患者要等转成“小三阳”后，再服药6个月至1年，巩固疗效；“小三阳”的患者在乙肝病毒 DNA转阴后，还要服用更长时间（2～3年）才算达到了“停药标准”。如果停药过早，80%以上的患者会出现反弹，使前面的治疗前功尽弃。而达到了医生所说的“停药标准”后停药就安全多了，70%～80%的患者有可能不反弹，但也有20%～30%的患者在1年内出现反弹。所以，经过抗病毒治疗而停药的患者在停药的最初半年内要加强监测，每1～2个月检测一次肝功能和乙肝病毒 DNA。一旦出现反弹，由于病毒没有产生耐药性，医生可以再次使用原来的药物，或换用其他敏感的抗病毒药物治疗。
　　一般情况下，在达到医生所说的“停药标准”后，病毒被彻底抑制住了，尽管完全清除乙肝病毒的可能性很低，但被药物和免疫系统抑制住的乙肝病毒不得不暂时放弃了它的疯狂复制，乙肝病毒 DNA转为阴性，“大三阳”变成了“小三阳”，也就是乙肝病毒感染进入了它自然史的第三期——非活动或低（非）复制期。在这种情况下，许多患者可以稳定终生，甚至自动清除乙肝病毒（表面抗原转阴）。
　　但是也有个别情况。因为乙肝病毒并不甘心在机体的免疫抑制下生存，只要遇到时机，就会“东山再起”，再度发动“战争”。这就是乙肝病毒的再活动期。在此期，病毒为了逃避免疫系统的抑制，“费尽心机”把自己“乔装打扮”一番，发生了病毒前C区变异，在复制中不再产生e抗原了。此时，在感染者的血清中不能检测出e抗原，有时甚至还能检测出e抗体。从乙肝五项检测指标来看，还是“小三阳”。但这种“小三阳”是假的，被称为“e抗原阴性的慢性乙型肝炎”。有时病毒没有发生前C区变异，而是直接冲破免疫的防线，再次成为乙肝病毒 DNA阳性的“大三阳”患者，转氨酶也随着病毒量的升高再次出现异常。
　　所以，即使是停药1年以上仍稳定的患者，每年也要复查一次肝功能和乙肝病毒 DNA，尤其40岁以上的乙肝病毒感染者。停药后复发的病人也可以再次使用原来的药物，或换用其他敏感的抗病毒药物治疗。