用于真实蛋白质结构预测的一种新的优化方法

来源 :化学物理学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：aspoptyy4

【摘要】

：

用'相对熵'作为优化函数,提出了一个有效快速的折叠预测优化算法.使用了非格点模型,预测只关心蛋白质主链的走向.其中只用到了蛋白质主链上的两两连续的Cα原子间的

【作者】

：

卢本卓王存新王宝翰

【机构】

：

中国科学技术大学天文与应用物理系,北京工业大学生命科学与生物工程学院,中国科学院生物物理研究所

【出处】

：

化学物理学报

【发表日期】

：

2003年2期

【关键词】

：

蛋白质结构预测折叠预测相对熵优化方法非格点模型三级结构氨基酸序列 protein folding prediction relative entr

【基金项目】

：

国家自然科学基金

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用'相对熵'作为优化函数,提出了一个有效快速的折叠预测优化算法.使用了非格点模型,预测只关心蛋白质主链的走向.其中只用到了蛋白质主链上的两两连续的Cα原子间的距离信息以及20种氨基酸的接触势的一个扩展形式.对几个真实蛋白质做了算法测试,预测的初始结构都为比较大的去折叠态,预测构象相对于它们天然结构的均方根偏差(RMSD)为5～7 A.从原理上讲,该方法是对能量优化的改进.

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