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为了提高水下航行器组合导航系统的精度，针对系统模型和量测噪声随实际工作环境的不同而变化的特点，提出了一种基于模糊自适应改进多模型滤波的算法。首先依据多模滤波的思想，对系统进行离散化建模；然后基于协方差匹配技术，利用滤波信息的统计方差和计算方差的偏差作为模糊系统输入，设计模糊推理系统调节量测噪声方差，最后给出算法的实现过程。仿真结果表明，所提方法可增强估计算法的抗干扰能力，提高了估计精度。