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为确定番茄斑萎病毒(TSWV)在山东烟草上的侵染,基于GenBank中已有的TSWV基因组序列设计该病毒特异性引物,通过总RNA提取,RT-PCR扩增,全基因组序列测定和拼接分析等,结果表明,山东临沂疑似病样中含有TSWV,该TSWV分离物具有3条RNA链,大小分别为8911、4773和2971 bp,与国内已报道的其他TSWV分离物核酸序列同源性均在99.0％以上,蛋白氨基酸序列同源性均在98.0％以上.系统进化分析结果显示,该分离物与已报道的TSWV云南分离物聚类到同一分支中,推测山东烟区中的TSWV可能由云南烟区通过带毒介体的迁入而传入.该研究为山东烟区TSWV的发生流行溯源和该危险性病毒病的精准测报及防控提供科学依据.