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代谢组学是一种较全面系统的研究技术，符合中医整体性原则，能够对中医辨证的“证”进行本质研究，使中医辨证科学化和定量化，可深层次理解藏象理论，预测疾病的发生，反映肠道内生态环境状况，整体性评价中药综合疗效、安全性和作用机制，阐明中药的效应物质基础，建立科学的中药质量控制方法，确保临床中药的安全、有效。