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在科教兴国新形势和高校科研经费逐年增加的新情况下,高校财务部门也面临新问题。本文用系统分析法分析了目前高校科研经费使用的普遍问题,提出了以预算管理为核心改变在预算编制、预算执行和结算过程中不合时宜的组织形式和管理方法,强调财务部门与相关部门合作,进一步推进科研经费绩效管理,通过长效机制达到对问题标本兼治的目的。