【摘 要】
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为了研究抗沙拉沙星单链抗体(ScFv)的三维结构模型,确定其与沙拉沙星等喹诺酮类药物的作用机制,试验采用SOE-PCR方法构建抗沙拉沙星ScFv,结合同源模拟技术模建其结构并借助SA
【基金项目】
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国家自然科学基金项目“兽药重组Sc Fv抗体的分子识别机制及双特异性ScFv抗体研究”(31271869);河北省自然科学基金项目“兽药单链抗体微观构象匹配机制及定向进化”(C2015204049);河北省大学生创新创业训练计划项目(201610086032);河北农业大学大学生创新创业训练计划项目(20160501)
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为了研究抗沙拉沙星单链抗体(ScFv)的三维结构模型,确定其与沙拉沙星等喹诺酮类药物的作用机制,试验采用SOE-PCR方法构建抗沙拉沙星ScFv,结合同源模拟技术模建其结构并借助SAVES和Mol Probity等软件对不同模型进行评价,确定最终受体模型并与沙拉沙星等喹诺酮类药物进行分子对接计算及可视化分析。结果表明:YASARA多模板所建立的三维结构模型的ERRAT、VERIFY 3D和Ramachandran Plot评估结果分别为92.523、100%和99.6%,优于SWISS-MODEL所建模型。选择前者与10种氟喹诺酮类药物对接,发现Trp50、Tyr99、Tyr162、Trp221和Tyr226等氨基酸残基是抗体与药物小分子相互作用的主要位点,并且主要分子间作用为疏水作用。说明在抗体可变区的基础上可以通过分子生物学方法构建单链抗体,结合计算机辅助理性设计可以获得单链抗体结构,了解其作用机制。
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