【摘 要】
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利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时
【机 构】
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华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程中心
【基金项目】
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国家现代农业(生猪)产业技术体系项目(CARS-36),科技部科技基础性工作专项(2014FY120800),国家自然科学基金项目(31200925),广东省自然科学基金项目(2014A030313453)
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利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87s,且计算耗时与标记数
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