通往大海的一条大河旁，修桥留下的人工湖和大河有石墙相隔，相通的豁口像半个残缺的月亮，是唯一的出口。湖底足够深的水和沙床是鱼儿们过冬的好居所。小鱼来到这之前，因为是三湖鱼，有难看的尖嘴巴，经常遭受欺辱。
　　小鱼想做条会飞的鱼。一天夜里，她飞到了岸上，在艰难的呼吸中看到了璀璨的灯火。
　　大鱼把伤痕累累的小鱼从沙滩上捡到湖里，成了她的保护神。他强迫小鱼每天练习游泳、应战和逃生的各种本领，不光要用嘴巴去湖底练挖沙，还要用尾巴在石壁上用力拍打，弄得红肿流血、鳞片脱落。她叛逆地反抗这种练习。
　　大鱼严厉教训了小鱼。她想了又想，终于懂了大鱼的心。
　　小鱼的头和尾巴越来越强壮。大鱼总催促她去大海里生活，她舍不得离开，危险却在一步步逼近他们。
　　一群孩子总来湖里碰运气，一些鱼成了网中物。大鱼教小鱼的“铁头钻沙功”派上了用场，潜入湖底躲过了飞来之网。
　　夏天的太阳公公热得要着火，不停喝地上的水。湖里的水日渐减少，几乎所有的鱼都游进大河逃命去了。大鱼病了，小鱼留下照顾他。等到他们想离开时，水位离石洞的出口处已经很远了。
　　小鱼安慰大鱼：“也许过几天就会下一场大雨，那时我们一起游过去。”
　　一艘大船在隔壁人声嘈杂，是工业有毒液体污染了大河。人工湖墙壁的洞口高于大河，污水侥幸没有流进来。
　　大河的水终于被清污了。雨却一直没有下，冬天要来了，过少的湖水会冻透成冰。大鱼用头拼命挖沙，他要挖出足够深的水洞，让小鱼在里面过冬。
　　寒冬的每个夜晚，大鱼都会躺在沙洞上方，用身体挡住寒气，为小鱼取暖。
　　一个大雪纷飞的早上，小鱼发现大鱼的尾巴被冻在冰里，怎么呼唤都不回应。她哭着用身体和泪水融化了那块冰，救活了被冻僵的大鱼。
　　春天终于来了。雨要彻底和大地断绝母女关系。湖里的水越来越少，露出了河底的软沙和石头。
　　大鱼流泪了。小鱼开心地安慰：“我喜欢知恩回报的生活，我们终于可以体验‘相濡以沫’的故事了。”
　　上帝总会眷顾大爱与善良。大风把一块长木板刮进湖里。小鱼眼前一亮，她用尾巴把木板推到一块大石头上，让大鱼躺在上面。小鱼猛地窜向天空，用身体砸向木板的一端，大鱼在另一端被高高弹起，飞进了石墙外的大河里。
　　小鱼自己试了很多次，都不能飞过石墙出口，她悲哀地放弃了。
　　大鱼拼命地呼唤小鱼：“为了我，你不能放弃生的希望。”
　　烈日下。小鱼费力把木板的一端斜插进沙洞，用石头压住，艰难地爬上的木板的最高处，甩动坚硬的尾巴，用尽全身的力气向石洞的出口飞去。
　　她接连失败地摔落到地上，大鱼的呼唤慢慢模糊了。天空蓝得像大海，她太累了，想睡个长长的觉。
　　大河的那边传来扑通扑通的跳水声，大鱼在拼命地飞向半个月亮，大声呼喊小鱼，要飞过来救她。小鱼被惊醒：大鱼年纪大了，不能让他冒险。她一次次艰难地跌落，再爬起“飞翔”，木板上留下一道道鲜血淋漓的爬痕。
　　扑通一声——小鱼终于成功了！她飞进了波涛澎湃又凉爽的大河里，她和大鱼热泪相拥，一起向大海的方向游去。从此，海面上出现了一条会飞的三湖鱼。