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对3个地理种群毛蚶核糖体ITS区进行RFLP分析，并对其ITS-1端进行序列分析。未见ITS区具有限制性片段长度多态性，在ITS-1端564bp的序列中多态位点为3．37％，表明毛蚶的遗传多样性很低，但3个群体的遗传多样性由高到低为塘沽、大连和宁波样本。依据564bp序列构建的NJ聚类图显示大连和塘沽样本的亲缘关系相对较近。564bp序列中C、G、A和T的含量平均分别为24．90％、26．89％、22．18％和26．09％。