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通过药物虚拟筛选,发现在具有生物活性化合物过程中,存在小分子结构相似性比较计算繁杂等问题。为此,结合MapReduce模型,提出一种基于Hadoop的并行计算模型处理方法,并通过Hadoop工具予以实现。同时根据Hadoop分区算法不均匀、容错功能存在重复计算等问题对该方法进行改进。实验结果表明,该方法平均加速效率达到0.91,具有较好的可靠性和扩展性。