微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中为了提高测序效率、区分不同样本,引入了"标签序列"(barcode)。本研究探索Illumina Mi Seq平台双向测定淞江鲈表皮菌群样本16S rRNA基因的V1~V3区序列的可行性,并且考察barcode长度和测序量对细菌群落结构分析的影响。结果表明:双向测序的拼接成功率达93%,可以成功识别V1~V3区。不同长度的barcode对序列分库有较大影响,建议采用12 bp以上长度的barcode。样本中有效序列的数目对可操作分类单元(OTU)的划分影响很大,在测试的有效序列数范围内,OTU数随有效序列数线性增加。当测序量达到6 000~9 000时属及以上分类数曲线逐渐进入平台期,可覆盖样本中的大部分种属。结合测序和文献结果,可推测黄杆菌属(Flavobacterium)、希瓦氏菌属(Shewanella)、假单胞菌属(Pseudomonas)可能与淞江鲈皮肤溃烂相关。