【摘 要】
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跨膜螺旋是GPCR的最主要特征,单个螺旋的预测精度直接影响GPCR整体三维结构的预测。GPCR螺旋形变预测是一个挑战性的难题。该形变用发生形变的残基位置和该位置前后两端螺旋
【机 构】
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苏州大学计算机科学与技术学院,江苏省计算机信息处理技术重点实验室,苏州科技学院电子与信息工程学院
【基金项目】
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国家自然科学基金（60970055,61170125）资助
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跨膜螺旋是GPCR的最主要特征,单个螺旋的预测精度直接影响GPCR整体三维结构的预测。GPCR螺旋形变预测是一个挑战性的难题。该形变用发生形变的残基位置和该位置前后两端螺旋的夹角表示。基于目前已知的所有GPCR的跨膜螺旋结构,根据螺旋序列相似度进行聚类,然后在每类中对形变角度用连续型von Mises概率分布来建模。对建模后GPCR跨膜螺旋的形变角度进行了回归和预测测试。基于本文方法的模型,只需进行15次采样,就会有一次的采样结果近似符合天然螺旋的形变角度,这在很大程度上能够帮助跨膜螺旋空间结构的预测。
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