采用24个已报道的多态微卫星标记对天津市天祥水产有限责任公司养殖的大鳞鲃Barbus capito F₂亲本及F₃成活和病发死亡个体进行基因分型,结果有8个标记无多态,13个标记用以分析本研究群体的遗传多样性、亲缘关系及遗传结构。遗传参数分析显示,13个标记在87个大鳞鲃个体中分别检测到2⁷个等位基因,平均等位基因数（4.27⁴.53）极显著高于平均有效等位基因数（3.09³.22）（P<0.01）;观察杂合度（0.58⁰.64）整体低于期望杂合度（0.64⁰.65）,多态位点比例明显下降（8/24）,表明大鳞鲃F2及F₃个体的纯合度增加,遗传多样性下降。聚类分析显示,F2亲本与成活子代亲缘关系更近,聚在一起;而死亡子代单独聚为1支。遗传结构分析显示,亲本与子代清晰地划分成两大类群,多数亲本与多数成活个体归为第一类群（划分概率为51.8%⁹7.7%）,少数亲本与多数死亡个体归为第二类群（划分概率为52.9%⁹8.4%）,这与亲缘关系分析的结果一致,表明少数亲本是F₃死亡个体遗传组成的直接贡献者。本研究初步认定,由于几个亲本的近亲交配,子代基因组纯合度增加,遗传多样性下降,抗逆性下降,这可能是F₃出现不明缘由病发死亡的主要原因之一。