通过收集人大质询司法机关的案例,可以发现由于种种原因的制约,全国90％以上的人大没有通过行使质询权监督司法机关,人大在通过质询监督司法机关,防止司法腐败方面没有发挥应有的功能,同时,人大以个案实体是否公正作为主要的质询事由,未能适当地尊重司法机关的相对独立性.人大质询司法机关出现了人大监督不足与司法独立丧失的双重弊端.人大质询司法机关制度应当予以完善,既要提高人大质询司法机关的行使频率,又要在质询中体现人大监督与司法独立的平衡.而最为关键的在于,应当禁止人大对司法机关办理的个案进行质询,此属于司法独立的核心领域,人大应当主要以“司法行为不当”而不是以“司法案件实体不公”作为质询的事由.同时,在质询的过程中,避免使用不恰当的语言,弱化质询的批评、纠错功能,弱化质询的强制力度,以保障司法的相对独立性.