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本文运用随机前沿生产函数模型，借助2001—2010年数据测算福建省高技术产业研发效率，考察市场结构、企业规模、政府扶持等因素对福建省高技术产业研发效率的影响。实证研究结果表明，福建省高技术产业研发效率总体水平有待提升，尤其是研发经费的产出效率提升空间较大，企业规模、政府扶持对高技术产业研发效率的影响显著，而市场结构对研发效率影响不明显。针对实证研究结果，文章针对性提出提升福建省高技术产业研发效率的若干建议。