从对接结构中挑选近天然构象的新方法

来源 :物理化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：Cskn__ZHANG

【摘要】

：

分析了包含静电能 (Δ Eele)、去水化自由能 (Δ GACE)以及范德华能 (Δ Evdw)的打分函数在蛋白质蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对 17种蛋白质复合物对接体系进行打分的

【作者】

：

于永辉李春华卢本卓陈慰祖王存新

【机构】

：

北京工业大学生命科学与生物工程学院

【出处】

：

物理化学学报

【发表日期】

：

2003年8期

【关键词】

：

对接结构近天然构象打分函数范德华能能量优化分子动力学分子势能 scoring function van der Waals energy energ

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分析了包含静电能 (Δ Eele)、去水化自由能 (Δ GACE)以及范德华能 (Δ Evdw)的打分函数在蛋白质蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对 17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)比通常的打分函数(Δ Eele、Δ GACE、Δ Eele+Δ GACE、Δ Eele+Δ Evdw、Δ GACE+Δ Evdw)具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明,优化( EM)对接体系后再进行打分,上面几种打分函数对对接结构的评

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