【摘 要】
：
[目的]利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术和生物信息学方法对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道的微小RNA(microRNA,miRNA)进行全转录组鉴定和分析,旨在丰富中蜂的miRNA信息,并为深入研究miRNA调控中蜂幼虫肠道发育的分子机理提供依据.[方法]利用sRNA-seq技术对中蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Ac1、Ac2和Ac3)进行测序,通过数据质控获得有效标签序列(clean tags).采用Blast工具将clean tags连续比对东
【机 构】
：
福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州 350002;福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州 350002;福建农林大学蜂疗研究所,福州 350002
论文部分内容阅读
[目的]利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术和生物信息学方法对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道的微小RNA(microRNA,miRNA)进行全转录组鉴定和分析,旨在丰富中蜂的miRNA信息,并为深入研究miRNA调控中蜂幼虫肠道发育的分子机理提供依据.[方法]利用sRNA-seq技术对中蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Ac1、Ac2和Ac3)进行测序,通过数据质控获得有效标签序列(clean tags).采用Blast工具将clean tags连续比对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组和miRBase数据库,以鉴定保守miRNA和新miRNA.采用TPM法对miRNA的表达量进行归一化处理.通过GraphPad Prism 7软件统计各组肠道样品中sRNA占比、miRNA长度分布及首位碱基偏向性.利用相关软件预测上述miRNA靶向的mRNA并进行GO和KEGG数据库注释.进一步根据靶向结合关系构建和分析注释到发育和免疫相关通路的基因及其靶向miRNA的调控网络,并利用Cytoscape软件进行可视化.利用茎环反转录PCR(Stem-loop RT-PCR)、分子克隆和Sanger测序验证miRNA的表达和序列的真实性.[结果]共鉴定到中蜂的371个保守miRNA和64个新miRNA;这些miRNA的长度介于18—25 nt且首位碱基主要偏向于U;上述miRNA共靶向14750条mRNA,涉及离子结合、金属离子结合、细胞膜、细胞膜组件和单一有机体进程等2270个GO条目,以及内吞作用、细胞凋亡、mTOR信号通路、RNA转运和昆虫激素的生物合成等332条KEGG通路.进一步分析结果显示156个miRNA与注释到Wnt、Hippo、Notch和mTOR等生长发育相关通路的67个靶基因存在调控关系,145个miRNA与注释到Toll、Imd/JNK、Jak-STAT和抗菌效应因子等免疫相关途径的21个靶基因存在调控关系.Stem-loop RT-PCR结果显示miR-8-y、miR-9-z、miR-14-y、miR-281-y、miR-283-x和miR-306-x均能扩增出预期的特异性片段;Sanger测序结果显示上述6个miRNA的序列与深度测序结果一致.[结论]提供了中蜂miRNA的数量、结构特征和表达谱;揭示中蜂幼虫肠道miRNA潜在调控诸多生命进程与细胞活动;中蜂幼虫肠道的部分miRNA可通过靶向结合相应的mRNA参与调节发育和免疫相关途径.
其他文献
[目的]分析茶树响应草甘膦相关的基因表达规律和调控途径,在转录水平上探究草甘膦对茶树的作用,确定茶树响应草甘膦的关键基因.[方法]以茶树品种\'金观音\'为试验材料,将推荐使用浓度的草甘膦施于茶树土壤基质表面,经0、0.25、1、3和7 d后,取叶片进行转录组测序,并测定莽草酸含量.利用WGCNA方法联合分析转录组和莽草酸含量数据,鉴定与草甘膦响应相关的共表达基因模块,筛选关键调控基因.[结果]茶树叶片中的莽草酸含量在草甘膦处理后0.25、1和3 d降低,而在7 d时大量积累(为未处理的6.99倍
[目的]断根嫁接苗和打顶双干或多干嫁接苗日益广泛用于番茄栽培,丰产作用显著.了解断根与打顶对番茄嫁接愈合的作用机制,可为番茄嫁接生产提供理论依据.[方法]以\'硬粉8号\'为接穗品种,\'砧爱1号\'为砧木品种,观测断根和打顶后番茄嫁接愈合进程、成活率和木质部连通性等,同时测定嫁接接合部生长素和细胞分裂素的含量及愈合相关基因的表达.[结果]断根和打顶抑制了嫁接接合部上方木质部分化基因VND7的表达,并显著延迟了木质部的重构.断根显著降低了嫁接后12和72 h接合部玉米素核苷(tZR)和反式
[目的]分析参与调控ABA促进葡萄着色的相关基因,探讨ABA促进葡萄果实花青苷积累的分子机制.[方法]以\'红巴拉多\'葡萄为试材,在转色前期(约花后6周)使用300 mg·L-1 ABA对果穗进行浸果处理,以清水处理为对照.观察表型,并利用超高液相色谱质谱联用仪(UPLC-MS)测定花青苷组分及含量,再利用转录组测序技术从分子水平对ABA促进花青苷积累的机制进行生物信息学分析.[结果]外源ABA处理3 d后,葡萄果实着色明显加深,花青苷种类和含量增多,其中芍药素3-O-葡萄糖苷、锦葵色素3-O-
[目的]针对我国设施菜地氨(NH3)挥发过高的问题,研究不同施肥方式下设施菜地NH3挥发特征,分析各施肥方式下影响设施菜地NH3挥发的重要因子,为以减氮增效为目标的设施菜地肥料管理模式制定提供相关科学依据.[方法]以长江中下游地区典型设施菜地为研究对象,基于1次基肥和2次追肥的施肥方式,设置了不施氮处理(Control)、常规施氮处理(CF)、20％减氮缓释肥处理(SF)、20％减氮有机/无机肥配施处理(OF)、20％减氮复合微生物菌肥/无机肥配施处理(MF)和20％减氮水肥一体化处理(IM),共计6个田
[目的]茶皂素是一种具有广阔应用前景的天然活性物质,纯度是限制其应用和价值的关键因素.探究超声耦合双水相提取(Ultrasound-assisted two-phase aqueous extraction,UAATPE)油茶粕茶皂素的工艺条件及其提取机制,以开发纯度高且高效的提取技术,为油茶粕高值化利用提供技术指导.[方法]以油茶粕为原料,在单因素基础上,利用Plackett-Burman设计筛选影响得率的关键因素,经Box-Behnken设计优化提取工艺;通过比较传统乙醇提取法和水提法的提取物得率和纯
[目的]基于食品水分吸附解吸理论,检测粳稻裂纹与水分含量,探讨籽粒裂纹的发展变化原因,总结粳稻裂纹的发展规律.[方法]以\'软玉\'淮稻5号\'和\'南粳5055\'3种粳稻作为研究对象,利用X射线成像技术检测粳稻籽粒的裂纹粒及裂纹程度;采用扫描电镜观察\'南粳5055\'籽粒裂纹断裂面的微观结构;使用LF-NMR技术检测粳稻籽粒的水分在解吸过程中的特征变化,分析粳稻籽粒水分解吸过程中裂纹数据和水分分布的相关关系.[结果]利用LF-NMR技术可以准确地预测不同品种粳稻籽粒的水分
[目的]探究荷斯坦牛泌乳早期(6—35 d)体细胞数(SCCel)的群体特征及其与不同泌乳阶段体细胞数(SCC)及产奶量(MY)之间的关系,并对荷斯坦牛泌乳早期体细胞评分(SCSel)进行遗传参数估计,以期为我国荷斯坦牛乳房炎抗性选育提供新的思路.[方法]收集了141个牧场2008—2018年182378头牛的2783046条生产性能测定记录.质控后,共得到150864头牛的1869976条测定日记录.将有表型的母牛至少向上追溯三代(父母、祖父母、外祖父母),通过追溯,获得用于遗传分析的系谱文件,共包含6
[目的]所有高等植物均会调控其根系形态,以便能更好地在土壤环境中获得充足的养分和水分,其中,氮素是调控根系形态的一个关键因子.探究氮素水平及形态对娃娃菜根系形态的影响及其生理机制,明确参与根系形态塑造的关键因子,为进一步研究氮素调控植物根系形态的分子机制奠定基础.[方法]以娃娃菜(品种\'惠农金娃娃\')为试材,设置两个氮素浓度(0.1和1 mmol·L-1)及两种氮素形态(NO3-和NH4+)共4个处理组合,使用根系扫描仪以及生理试验等方法,测定娃娃菜根系形态指标:总根长、总根体积、总根表面积和
[背景]脂肪组织分为皮肤下的皮下脂肪组织(subcutaneous adipose tissue,SAT)和腹部内器官周围的内脏脂肪组织(visceral adipose tissue,VAT),皮下脂肪作为影响肉类美味与否的重要因素,探究皮下脂肪沉积分子调控机制对于育种改良和畜牧业的发展至关重要.Krüppel-like factors12(KLF12)是一个进化保守的转录因子,可以在多种细胞类型中表达并控制着广泛的细胞过程.[目的]研究获得山羊KLF12的分子特征并进行生物信息学分析,同时明确KLF1
[目的]非洲猪瘟(African swine fever,ASF)自2018年首次暴发于我国沈阳后,迅速扩散至全国,对我国养猪业造成了沉重打击.研究针对其病原非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)建立一种快速核酸检测技术,为及时发现、准确处理ASF疫情提供一种快速诊断方法.[方法]针对ASFV保守的B646L(p72)基因,设计并筛选合适的引物、探针组合,利用基于重组酶-聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)的实