【摘 要】
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水稻的抽穗期关乎水稻的光合效率、适应季节和种植范围,其表现直接决定了水稻能否高产稳产。Hd3a编码的成花素是水稻抽穗调控通路中的关键因子,在短日照下促进抽穗,长日照下推迟抽穗。Hd3a包含多个等位基因,其中来自aus稻品种Kasalath的hd3aKasa相比来自温带粳稻品种日本晴（Nipponbare）的Hd3aNip,在第4个外显子处有2个连续的碱基突变（CC→AA）,使得hd3aKasa的功
【机 构】
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中国科学院亚热带农业生态研究所/亚热带农业生态过程重点实验室
【基金项目】
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中国农业科学院创新工程项目（CAAS-XTCX2016002）；
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水稻的抽穗期关乎水稻的光合效率、适应季节和种植范围,其表现直接决定了水稻能否高产稳产。Hd3a编码的成花素是水稻抽穗调控通路中的关键因子,在短日照下促进抽穗,长日照下推迟抽穗。Hd3a包含多个等位基因,其中来自aus稻品种Kasalath的hd3aKasa相比来自温带粳稻品种日本晴（Nipponbare）的Hd3aNip,在第4个外显子处有2个连续的碱基突变（CC→AA）,使得hd3aKasa的功能强于Hd3aNip。hd3aKasa是高光效基因型,一般携带hd3aKasa的水稻品种产量更高,但会导致水稻开花推迟,可能影响其正常生产;而杂合态的Hd3aNip/hd3aKasa则表现出产量高和抽穗延迟适中,相比2种纯合基因型更加有利。由于Hd3a的不同等位基因各具优势,处于杂合状态下还可互补,因此建立可精确选择Hd3a等位基因的分子标记在育种实践中意义重大。本研究利用扩增受阻突变系统（Amplification refractory mutation system,ARMS）的原理,开发出包含4条引物的共显性分子标记hd3afnp,鉴定Hd3a的功能单核苷酸多态性（Functional nucleotide polymorphism,FNP）。hd3afnp同表型完全连锁,1次PCR反应即可精确区分2种纯合等位基因型及其杂合基因型,从而有助于水稻的高光效分子标记辅助选择育种。
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