【摘 要】
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合理建模非编码序列对正确识别DNA序列中的调控元件非常重要.基于卡方统计检验,给出了选用Markov chain模型来模拟序列背景分布的原因及如何确定Markov chain阶数的方法.卡方
【基金项目】
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国家高技术研究发展计划(863计划)，江苏省自然科学基金
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合理建模非编码序列对正确识别DNA序列中的调控元件非常重要.基于卡方统计检验,给出了选用Markov chain模型来模拟序列背景分布的原因及如何确定Markov chain阶数的方法.卡方测试分析模拟数据发现它能有效地确定模型阶数.选择分析啤酒酵母中10类基因的上游序列集发现:所有序列集至少具有一阶以上的上下文相关性,除1组基因外,其余9组数据集具有二阶或三阶的上下文相关性.这说明用高阶Markov chain来建模背景序列比单碱基模型(零阶)更合理.
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