【摘 要】
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目的:运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）筛选与宫颈鳞癌（squamous carcinoma of the cervix, SCC）预后相关的关键基因。方法:从癌症基因组图谱（the cancer genome atlas, TCGA）和基因综合表达（gene expression omnibus,
【机 构】
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湖北医药学院附属襄阳市第一人民医院妇产科
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目的:运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）筛选与宫颈鳞癌（squamous carcinoma of the cervix, SCC）预后相关的关键基因。方法:从癌症基因组图谱（the cancer genome atlas, TCGA）和基因综合表达（gene expression omnibus, GEO）数据库中下载SCC转录组及临床数据。R语言分别筛选TCGA、GEO数据库中SCC相关的差异基因（differentially expressed genes, DEGs）和枢纽基因模块。DEGs与枢纽基因模块取交集找到差异共表达基因并进行通路富集分析。STRING数据库对共表达基因行蛋白互作分析并筛选与SCC相关的核心Hub基因行预后分析。免疫组织化学对预后相关Hub基因蛋白表达进行验证。结果:WGCNA示与SCC相关性较高的基因模块分别是TCGA的绿黄色模块（r=0.24,P＜0.01）和GSE52903数据集中的青绿色模块（r=0.86,P＜0.01）。分别从TCGA、GSE52903数据集中得到3066和934个DEGs。模块基因与DEGs取交集得到80个差异共表达基因。功能富集发现差异共表达基因主要与细胞核分裂、细胞器分裂、染色体分离相关。通路富集示主要与细胞周期、DNA复制、同源重组信号通路相关。蛋白互作网络筛选出与SCC最相关的20个Hub基因。预后分析发现SMC2基因低表达与患者的总体生存期和无病生存期缩短相关，差异有统计学意义（P＜0.05）。免疫组织化学验证显示，SMC2基因在SCC组织中的蛋白表达低于NC组织。结论:通过生物信息分析发现了20个与SCC密切相关的Hub基因，其中SMC2在SCC组织中表达下调且与预后不良相关。SMC2可能作为SCC发病的风险基因和潜在治疗靶点。
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