“数目字管理”是黄仁宇先生的重要的史学观点。“数目字管理”（Mathematically manageable）又称“货币管理”，从字面上理解，是用数目字作工具去管理经济，小至一个企业，大至国家财政。所以李锦彰先生在《南方周末》上说，他看晋商的账本，不能说他们没有数目字管理，中国人并不是缺乏数目字管理的能力。事实确是如此。中国人早就利用数目字作为记账和计数的工具。如《周礼·地官·廪人》称：“以岁之上下数邦用，以知足否，以诏谷用，以治年之凶丰。郑玄[注]：数，犹计也。”而且受到管理财政的户部官员的重视。如明中叶户部尚书夏原吉，就十分重视用“数目字管理” 财政。《明史·夏原吉传》载：“凡中外户口、府库、田赋赢缩之数，各以小简书置怀中，时检阅之。一日帝问天下钱谷几何，对甚悉，以是益重之。”据说他是效杨炎所为，可谓承传了唐代管理财政的优良作风。
　　但是，黄仁宇在他的著述中大力宣扬的“数目字管理”的史学观点，和上述的概念不一样。有人质问他：“什么是‘在数目字上管理’？”他答曰：
　　
　　台北有40万辆汽车，倒只有17万个停车之场所。于是有申请购买汽车者前来，当局责成需交出购有停车场所的文件，这样就从一个不能在数目字管理之场合中，进入到一个可以在数目字上管理之境界。（《大历史不会萎缩》）
　　
　　其实他举这个例子只说明“数目字管理”要求统计、精确计算而已，并不能说明他的“数目字管理”所包含的全部内容。所以，他紧接着解释说：“然则实施起来，也并不是那么简单。除非在最下端各人的权利和义务都有适当的安排，否则必有谎报与蒙蔽，其统计即无法落实。”（同上注）这样就牵涉到资本主义社会个人的权利和义务了。因为他认为“资本主义社会是一种现代化的社会，它能够将整个社会以数目字管理”（《放宽历史的视界》）。原因是资本主义形成时，就具备了“数目字管理”的三个条件：“（1）私人关系的信用借款，广泛的通行，于是资金流通。（2）产业所有人以聘请方式雇用经理，因之企业组织扩大，通过本人耳目足能监视的程度。（3）技能上的支持因素，如交通通讯等共同使用，于是企业之经济力量超过本身活动范围。⋯⋯以上⋯⋯三个条件，都须要有法律上的保障，⋯⋯政府承认私人财产的绝对性。”（同上注）这三个条件，又称为现代商业组织的三个条件。他概括这三个条件的内容说：“现代社会，亦不外一个以商业条例为组织原则的社会。现代商业发达端赖信用广泛的展开，经理人才与所有权的分离，不受家族地域之限制，而且技术上之支持因素全盘活用，如交通、通讯、保险业、律师业。此亦即社会上所有之经济因素均能公平而自由地交换。”当然国家要“独立自主”，基层组织要“剔除用皇权、宗教、职业传继、土地所有、劳动力受束缚各种条件妨碍交换的情形 。再进一步建立上下之联系，在实际交换及分工合作厘定权利义务关系又使整个体制能在数目字上管理”（《关系万千重》）。由此可见，他的“数目字管理”的概念，包括的内容很广泛，凡是现代资本主义社会形成时的条件都囊括无余，例如现代资本主义财产私有制、商业经济运行法则、国家政权、基层组织及公民的权利和义务等。
　　黄仁宇把人类历史分为两类不同的“国家社会结构”，即“以农业组织作为国家基干” 和“以商业组织作国家基干”。前者是不能用数目字管理，后者是可以用数目字管理（《放宽历史的视界》）。因此，他将“数目字管理”作为坐标，作为“检查单”（check list），亦即以资本主义的视角去考察历史事件，衡量人物得失。而他所得结论，往往是非历史主义的错误。
　　例如他评价历史上改革失败的原因。他认为历史上发生的事情，其“历史上的原因，只有一个诸种原因的总原因，除此原因之外，没有其他原因”（《大历史不会萎缩》）。这个总原因，就是能否用“数目字管理”。王安石变法失败的原因：一是宋代对财产权暧昧不清，“无从个别的而且确切的保障私人财产权益” ，“小自耕农作当兵纳税不能废除，中间缺乏有效的联系（指民法、商法——引者）”（《赫逊河畔谈中国历史》）。二是经济运行无技术上的支持，如交通、通讯等，带服务性的事业（民法、商法、保险业及银行等）没有展开。“清苗钱无银行在后面做根本，无法监视借贷者的权利义务”（《放宽历史的视界》）。三是宋代“财政不容商业化”，市易法执行者为零售商，到街上去卖果卖冰。“不能集中于批发业务” ，以致资金不能流通，企业组织无法扩大，无法实现“以商业条例为组织原则的社会” 。（《赫逊河畔谈中国历史》）。一言以蔽之，王安石的改革，完全不符合“数目字管理”的要求，其失败原因就是“不能在数目字上管理”。此外，他分析评价西汉王莽改革失败的原因，也认为是当时“中国传统的官僚组织不能用数目字管理”（《中国大历史》）。这就把复杂的历史简单化了。其实由于王莽和王安石所处的历史阶段不同，他们改革的失败，是有具体的历史背景和不同原因的，不可能千篇一律。
　　例如他设计的“现代化即资本主义化”的模式，也不是放诸四海而皆准的范本。在他看来，资本主义的产生是现代化的产物，而资本主义条件的形成过程，就是可以“在数目字上管理”。可见“数目字管理”是现代化的“隐喻”。正如台湾学者陈正国说他的“数目字管理概念，只是现代化概念的部分隐喻” 而已。首先是他设计的现代化架构。他说：唐朝长安有种升平气象，“宫女之作拔河戏者，一次总有好几千人，较之明清已现代化得多”（《赫逊河畔谈中国历史》）。这说明他对现代化在数目字管理上重视“量”，而不问“质”，即不管事物的性质，而且可以超时空，是不严肃的，对历史的随意戏说。其次是他对实现军事上现代化的看法。如他说：“让战术全面现代化的建议，曾经被名将俞大猷提出过。⋯⋯俞大猷主张，以有效的战船和火炮歼灭倭寇于海上，根本不让他们有登陆的机会。⋯⋯他要求亲自率领‘闽广大船数百艘，兵数万’，如果一旦成为事实，有关各省的财政就要从原来小单位之间的收支而被集中管理。与之相应，这些后勤机构人员必须增加，而且必须一扫苟且拖沓的办事作风，保证规格和数字的准确，才能取得预期的行政效率以与现代化的军事技术相配合。⋯⋯上面这些情况在我们这个以农业经济为基础的国家里竟不能发生根本的改变。现代化的技术和古老的社会组织断然不能相容⋯⋯使俞大猷的计划毫无实现的希望。”（《万历十五年》）俞大猷军事现代化的计划失败的原因，就是不能在数目字上管理。其实俞大猷主张使用火炮和战船，是否是“让战术全面现代化的建议”是值得研究的。明朝末年曾经有人从澳门引进西方的火炮，用于战斗发挥过作用，然而当时的社会经济结构和俞大猷时并无变化，又该作何解释呢？三是今天中国现代化问题。他说：“中国一百年来的革命，已于80年代完成。其间最大的一个收获，则是今后这个国家已能‘在数目字上管理’。”（《放宽历史的视界》）我们认为如上所述，他的所谓“用数目字管理”即现代化的隐喻，以此来考察中国历史，并不适当，因为从社会形态来考究，中国并无走上资本主义社会，而是进入社会主义现代化了。“1992年，我国宣布要建立社会主义市场经济体制，1995年又宣布目标在2010年形成这种体制”。我们认为，建成社会主义市场经济体制，也就是实现我国的现代化。现代化即市场经济的假说。这种假说是和他的“现代化即资本主义化”的模式对立的。社会主义市场经济体系和资本主义体系是有区别的，如前者以国家公有制为主的多种所有制，后者是绝对的财产私有制为主。况且任何一个国家或民族，迟早总会由传统社会进入现代社会。但是，正像历史上有的国家或民族没有经过奴隶社会、有的没有经过封建社会那样，实现现代化也不一定必须经过资本主义社会。我国实际上就是越过“卡夫丁峡谷”，由半封建社会进入社会主义的，但进入社会主义后，仍然要建立市场经济体制，才能实现代化。因此，他的“现代化即资本主义化”模式是否适于中国，未免使人怀疑。（参见吴承明：《中国的现代化：市场与社会》代序，第7页）
　　此外，他评历史上的战役，例如鸦片战争与黄海战役，他说：中国方面都犯了荒唐离奇的战术错误。可是历史解释不当从个人因素，诸如“用人不当”、“战术错误”、“贪污腐化”来权充。他认为中国所面对的失败，是明代以来的小农经济和财政所遗留下来的问题。只有在整个下层结构改造完成，中国进入现代化，可以用数目字管理，始能与西方势力抗衡。（《资本主义与二十一世纪》）对于鸦片战争中中国丧失领事裁判权的原因，他亦持有同一看法。如他说：“150多年前有鸦片战争，兹后外强在中国保持着领事裁判权、主要原因则是中国仍是亿万农村组成的大集团，本身不能在数目字上管理。”（《大历史不会萎缩》）言外之意是因为中国不是资本主义现代化的强大的国家，“在列强炮舰政策下，闭关自守已不复可能，将外方的法律在隔开的地区施行，成为唯一的出路”（同上）。我们认为黄仁宇这些言论，“数典忘祖”， 贬低了祖国的历史，不把明清时期的中国看做是一个国家，如他说“明朝与清朝不是我们今日所公认的一个国家，实际上这是一个无数农村拼成的大集团”（同上）。他看不到中华民族抵抗外国侵略的优秀传统，从而站在外国侵略者的立场上，说出了上述替侵略者开脱的言论，掩盖了事物的本质。领事裁判权是帝国主义侵略中国变为殖民地的标志。侵略者在租界内设立领事法庭、领事公堂的机构，审理租界内中国人和无领事代表的外国人的案件。它完全操纵了司法权，破坏了中国的司法制度。同时，国家综合国力弱，“唯一的出路”就只有“低首称臣”，任人欺侮，任人宰割吗？若以此去解释鸦片战争与黄海战役的失败原因，亦是难解释得通，不可以使人信服的。人们不禁要问：荷兰在17世纪中叶以前建立了资本主义体系，可是为何明朝的亡命孤臣郑成功可以击败他的海外帝国？