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分析了不同空气孔形状的光子晶体受位置和半径微扰对于透射的影响,包括圆形,方形与椭圆形.仿真结果发现及形状相同微扰程度下,通过比较透射平坦带宽部分的分析得到透射率对位置微扰更加敏感.慢光区域正方形空气孔对于位置微扰表现较好,圆形空气孔对于半径微扰更稳健.由于不同形状的空气孔光子晶体波导结构有各自的优势,因此研究微扰对透射率的影响对于光子晶体波导实验和制作过程有重要的理论指导意义.