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随着城市化和工业化快速发展，我国的人地矛盾日益尖锐，因此国家实行最严厉的土地管理制度，规划建设用地占用耕地指标成为稀缺资源，为了提高资源的配置效率，促进区域均衡发展，国家提出了主体功能分区的概念，这也对区域土地利用方式和规划建设占用耕地指标的分配提出了新的要求。以此为出发点，探讨了区域土地利用高效率配置模式，以及对限制发展地区补偿的途径，并从财政转移、政绩考核、空间引导和环境保护等方面提出了相应的政策建议。