论文部分内容阅读
目的
研究慢性牙周炎（CP）的差异表达基因，探讨其与牙周炎程度的相关性。
方法在高通量基因表达（GEO）数据库中筛选与CP相关的基因表达谱数据并用GEO2R在线软件进行分析，绘制火山图。对筛选出的CP相关差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书（KEEG）、基因本体论（GO）分析，预测其可能功能及信号通路。采用蛋白-蛋白相互作用数据库（STRING）分析筛选出的CP相关差异表达基因的编码蛋白之间的相互作用关系。并用Cytohubba软件鉴定信号通路关键基因。选取120例CP患者和40名健康对照。采用实时聚合酶链锁反应（q-PCR）法对筛选出的CP相关基因进行验证。
结果共筛选出符合要求的CP差异表达基因1 151个。这些基因在GO通路上主要富集于粒细胞分化的正调控、辅助性T细胞分化、白细胞聚集、急性炎症反应调节、趋化因子介导和内质网未折叠蛋白反应等；在KEGG路上主要富集于NFB通路、趋化因子通路、细胞因子受体相互作用、白细胞跨内皮迁移通路、B细胞受体通路、Toll样受体通路等。使用筛选到的CP相关差异表达基因构建蛋白质间相互作用网络，共包括78个节点和496个链接，平均聚集系数和平均连接度分别为0.69和12.7。Cytohubba分析结果显示，Sell为信号通路的关键基因，其在不同程度的3个CP组中齿龈液的相对表达水平（1.14±0.46、0.86±0.41、0.52±0.46）显著低于对照组（1.50±0.65）（P