目的探讨2013年-2016年南阳市手足口病病原学和流行病学特征,为手足口病防控工作提供依据。方法应用实时荧光定量PCR方法检测手足口病临床诊断病例粪便标本中的EV71、CA16和其他肠道病毒。结果 1 508份粪便标本的病原学阳性率为77.45%(1 168/1 508),其中EV71阳性率为28.91%,CA16阳性率较低(19.23%)。4年中,2015年标本阳性率为86.05%,高于其他年份,4年间阳性率差异有统计学意义(P<0.05);手足口病病原阳性病例发病高峰为4月-7月,以EV71阳性率最高;男、女性别比为1.70∶1;主要集中在1岁~3岁婴幼儿中;重症病例EV71的阳性率远高于CA16和其他肠道病毒。普通病例其他肠道病毒阳性率较高。结论 2013年-2016年,南阳市手足口病流行特点为EV71和CA16的交替流行;应尽早开展CA6和CA10等其他肠道病毒分型检测,进一步明确本地病原谱构成;学龄前儿童易感染,应加强春末夏初手足口病的防控工作。