中药代谢的内环境是一个动态过程,这一特点与代谢组学“整体-动态-综合-分析”的研究特点相符合,因此代谢组学对于揭示中药的代谢模式具有独特的优势,由此延伸,将代谢组学应用于中药研发领域,对于认识中药的药效/毒副作用物质基础、作用机制、以及指导制定用药剂量和疗程都具有重大的实际意义;同时还可对中药方剂配伍的科学性、中药种质资源以及中药的临床前安全性和毒性进行研究。目前,代谢组学已经成为了包括中药研发领域在内的很多行业及领域的领先技术,其核心是分析技术,通过适宜的分析技术才能从复杂的生物样本中得知全面的代谢物概况或准确的鉴定已知代谢物;同时需要应用一系列的生物信息学/化学信息学/化学计量学等方法对数据进行处理,以此得到海量数据中的潜在规律和信息。该文主要从代谢组学的概念、相关分析技术、数据处理方法以及近5年在中药研发领域的应用实例予以详细的阐释和分类分析,归纳了目前代谢组学核心问题及解决对策,并对代谢组学未来发展方向进行了展望。