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从 DNA序列片段个案中密码子分布密度角度出发，提取出DNA序列片段的特征，基于氨基酸分子中侧链基极性性质把氨基酸分成5大类，计算5大类出现的频率，这种考虑生物意义的特征提取方法不仅考虑碱基的含量，还在一定程度上考虑碱基的排列顺序，应用层次聚类分析方法和 BP神经网络法对DNA序列片段进行分类。结果表明，2类算法分类结果精度较高，且一致性也较高。说明这种特征提取法比传统的单纯考虑碱基的特征提取法效果更优。