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为更好监测条斑病菌的流行和鉴定其区域性的群体结构,本研究比较了利用鉴别寄主、毒性相关基因差异、可变数目串联重复序列3种方法对条斑病菌进行小种分类的优劣。结果显示：利用可变数目串联重复序列进行条斑病菌进行小种分类具有快速有效且精准方便的优势;利用10个可变数目串联重复序列位点分析全国40份菌株,10个VNTR均具有多样性,聚类分析显示：利用多个可变数目串联重复序列进行条斑病菌遗传多样性研究技术,是一种快速而有效的研究技术,能反映出条斑病菌株水平的基因型、系统发育和分类学关系,可应用于种以下水平的分类和鉴定。