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基于PCA-DEA模型和Malmquist指数对“一带一路”区域18省市高校2012-2017年的科技创新效率进行了测度分析。研究结果表明:2012-2017年间,“一带一路”区域高校科技创新效率波动变化,呈“V”趋势;“一带一路”区域高校科技创新效率提升的主要限制因素为纯技术效率;“21世纪海上丝绸之路”地区高校综合技术效率较高,而“丝绸之路经济带”地区高校综合技术效率普遍偏低。因此,建议通过实施差异化战略、注重人力资本积累、优化物质资本投入效率、加强产学研协同、扩大高校国际科技交流合作研究等措施实现“