基于多目标优化的蛋白质三维结构预测

来源 :江苏科技大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：baochangjingmao

【摘要】

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蛋白质的功能主要由三维结构来决定,但通过实验的方式获取三维结构需要耗费大量人力物力.从头预测法即从氨基酸序列出发,通过模拟蛋白质折叠的过程,并用能量函数对中间构象进行评价,不断优化新构象的全局最小自由能,来期望计算生成足够相似于天然蛋白的结构.文中基于多目标智能优化的TRIOFOLD方法,基于ROSETTA、CHARMM、RWPLUS 3个能量函数,并利用多目标优化的方法来生成非支配集合,最后利用KNEE算法筛选得到最终结构.实验表明多目标TRIOFOLD算法能提供多样化的通过不同能量函数的均衡来评定最优

【作者】

：

王雨林张彪沈红斌

【机构】

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上海交通大学图像处理与模式识别研究所

【出处】

：

江苏科技大学学报:自然科学版

【发表日期】

：

2021年4期

【关键词】

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蛋白质结构从头预测法多目标优化非支配解

【基金项目】

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国家自然科学基金资助项目(61725302,61671288,62073219)。

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