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陈在正老师是厦门大学台湾研究的一位重要奠基人和开拓者。厦门大学台湾研究所成立之前,他在历史系当系主任时,就积极组织历史系教师开展台湾史的研究和教学工作。台湾研究所成立之后,他先担任副所长,1984年12月至1987年3月任所长。他担任所长期间,推动了许多开创性的工作,为台研所的发展奠定了坚实的基础。他个人的台湾史研究也取得了许多重要成果。