目前，三峡工程的防洪、发电、航运、水资源利用等综合效益已全面发挥，10年累计发电7100亿千瓦时。经过6年试验性蓄水检验，国务院将对三峡工程进行整体竣工验收。但三峡工程也面临长江濒危物种灭绝、库区水污染以及地质灾害等多方面问题的挑战。
　　修建和运行三峡工程，中国没有任何经验可以借鉴。像库区滑坡、水库淤积等生态问题，早在三峡论证设计之初就已经意识到，多年来一直采取措施，防治效果比较明显。
　　——三峡工程的主要设计者、中国工程院院士郑守仁
　　1998年长江发生大洪水，当时三峡工程还没修好，荆州汛情告急。三峡工程修建以后，虽然去年也有大洪水，但荆州防洪形势变好了。
　　——荆州市监利县汴河镇副镇长潘克俭
　　三峡工程是一个固定的巨大建筑物，起码会存在百年以上。它的设计和建设依据的是以往的气象、水文和地质资料。但是，全球气候变化将引起气候、水文的变化。变化的趋势和结果是否符合原来防洪的要求就存在着很大的不确定性。
　　——中科院成都山地灾害与环境研究所研究员陈国阶
　　大面积水体替代陆地，确实会对区域气温产生一定的影响，其作用总体表现在对气温的“缓冲”和“调节”上，通过升高最低气温、降低最高气温，从而在一定程度上减弱气温的日差以及年内变差和年际差异。
　　——南京水利科学研究院教授王国庆
　　三峡水库多年蓄水，泥沙在上游淤积，清水下泄后，导致中下游河槽下切，水位下降。这加速了长江中下游湖泊里的水流入长江，导致长江中下游枯水期提前2个月到来。这就是近年来湘江、洞庭湖等长江中下游支流冬季大旱的主要原因。
　　——著名水利专家聂芳蓉
　　现在说湖北大旱和三峡有关，早了点。如果要说有关系，要靠多年的监测数据说话，而现有数据时间太短了。
　　——国家环保部长江水资源保护局局长翁立达
　　随着大坝下游水量的减少，长江的水位将下降，附近湖泊网络将被逐渐分隔开来，这使得鱼类更加难以生存。三峡工程的建设已经导致白鳍豚数量的骤减，这种极为稀有的豚类被认为已经功能性灭绝。
　　——武汉大学生态学家谢平
　　其实水利工程之兴利避害，还在于思想观念上。从生态伦理学的角度来看，到底谁是第一位的——人类及其经济发展？还是各种自然物种的共享？
　　——网友