14种结合自由能评价函数的比较

来源 :物理化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：tank1st

【摘要】

：

采用LigandFit作为构象采样工具,以230个蛋白质-配体复合物组成的预测集,系统地比较了14种自由能评价函数(Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2、Jain、Pmf、Ludi1、Ludi2、Lud

【作者】

：

李旭东侯廷军徐筱杰

【机构】

：

北京大学化学与分子工程学院

【出处】

：

物理化学学报

【发表日期】

：

2005年5期

【关键词】

：

结合自由能分子对接评价函数共同评价函数 binding free energy molecular docking scoring function

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采用LigandFit作为构象采样工具,以230个蛋白质-配体复合物组成的预测集,系统地比较了14种自由能评价函数(Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2、Jain、Pmf、Ludi1、Ludi2、Ludi3、D-score、Pmf-score、G-score、Chemscore以及Xscore)对蛋白质和小分子之间的结合模式以及结合自由能的预测能力.Plp1、Plp2、G-score、Pmf和Xscore在预测测试集结合自由能时得到的分数同实验测定的结合自由能的线性相关系数大于50%

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