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我国县域医药卫生事业的发展存在体制性障碍和机制性矛盾,严重制约了县级公立医院的根本发展。政府的行政管制是县级公立医院根本发展的体制性障碍,供给、筹资和监管功能的相互抵消是县级公立医院发展的机制性矛盾。绩效型行政化和治理型市场化是破除体制性障碍和化解机制性矛盾的两条主要路径,由于公益性和积极性均衡是公立医院管理体制创新的根本原则,体系的健全性、机制的分工化和功能的协同性是公立医院运行机制重构的主要标准,治理型市场化是县级公立医院管理体制创新和运行机制重构的正确选择。