知识分子在近代中国的社会地位，一直呈现出一种“边缘化”的趋势。传统中国是由士农工商组成的四民社会，读书人通过科举制度参与政治，成为国家官僚体制的核心力量。士大夫在国家层面代表道统，与君主共治天下，在社会层面成为官府和百姓之间的联络纽带。然而，晚清以降科举制度废除，读书人与国家失去了建制性的联系，士大夫转变成现代的知识分子，成为社会上自由流动的资源。尤其是四民社会瓦解，工商阶层和军人集团的崛起，知识分子更是失去了社会中心的地位。他们怀着传统士大夫的梦想，力图通过言论和知识的力量，重返社会中心。这一努力在国共内战之际达到顶峰。但是好景不长，在此之后相当长一段时期，知识分子被彻底边缘化。
　　知识分子的边缘化，最能说明问题的例证便是思想改造运动。在政治上，这些党外人士被打入另册，成为暂时有地位但毫无实际权力的一群人。后来更是既无地位又无权力，成为党政官员和学生眼中一无是处的“老九”。在学术上，他们赖以安身立命的专业和学术，被当成过时的无用知识遭到彻底的清算。总之，在时代的语境之下，他们是被主流政治体制排斥的另类，是资产阶级思想的代言人。正如陈徒手在《故国人民有所思》中所揭示的那样，知识分子必须彻底否定自己，进行脱胎换骨式的灵魂改造。
　　思想改造首先是对知识分子地位的挑战。比如史学泰斗陈垣，作为北京师范大学校长，享受着政治光环，却处于被边缘化的真空地带，是没有任何实权的光杆司令。甚至学生慕名请他题词，他也要考虑再三，请校党委书记看题词是否妥当后再题写。傅鹰作为石油学院的非党系主任，没有过问系里人事的权力，甚至名下研究生的研究题目也是由系里确定，对导师保密。冯友兰作为“反动学术权威”，经常在课后被学生围堵在教室里进行自我检讨。他为指导学生开辟一个教研室，学生嫌麻烦，要求他亲自到宿舍指导。冯友兰到学生宿舍后，却又遭到学生的反问和训斥。
　　其次是对主流知识和学术的挑战。马寅初是中国经济学的权威，却被组织上评价道：“马寅初过去是研究资产阶级经济学的，真才实学如何，目前北大尚摸不清。”后来经过一番摸底，党组织认为马寅初原来并不可怕，只是站在资产阶级立场上知识少得可怜的人。康生对游国恩、王瑶的评价是：“那些人没什么实学，都是搞版本的，实际不过是文字游戏。”对冯友兰、张岱年的评价是：“冯友兰的哲学，说什么抽象的意义，实际上他的哲学并不是哲学，说好一点是语言学，只是玩语言上的诡辩。张岱年去年写荀子的哲学思想简直是胡说八道……”
　　知识分子的边缘化，是一个社会学的范畴，但从思想的角度讲，似乎是反智主义发展到极点的表现。中国古代思想中，道家法家都包含一定程度的反智论，儒家被法家化以后，三家思想汇流，反智成为中国政治思想中的一大特色。近代以后，激进主义思潮狂飙突进，一切旧的东西都受到质疑，过去的优秀文化成果多半被当成 “封建残余”打翻在地。尤其是边缘人和工农阶层崛起之后，相信“知识越多越反动”，将矛头对准智力，对准知识分子。思想改造运动以及其后的“文革”将知识分子彻底打倒，其结果便是一个国家民族元气的丧失，创造力被彻底扼杀，智慧被断送。正如本书题目《故国人民有所思》所揭示的那样，这种反智主义是我们每一个中国人都应当反思的。