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新型冠状病毒（SARS-CoV-2） S基因D614突变导致病毒感染能力显著增强，也是德尔塔变异毒株的主要来源。如何在病毒核酸检测时对此类高危SNP进行快速分型是研究者非常关注的技术问题。但新冠病毒属于单链RNA病毒，基因组易降解，现有的点突变鉴定技术并不适用高度降解的碎片化病毒核酸。研究利用连接酶检测反应（LDR）技术结合荧光定量PCR,建立一种检测碎片化新冠病毒S基因D614G的方法。结果表明：方法对5 pmol/L的病毒RNA模板具有良好的区分度，最低可检测出长度仅为40 nt的病毒RNA所携带的点突变。