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吉林农业大学食品科学与工程学院的前身是1984年成立的农畜产品贮藏与加工专业，1987年成立食品科学系。1997年成立食品工程学院，率先在全国农业院校中创建了董事会办学体制，2006年更名为食品科学与工程学院。现有食品科学与工程、食品质量与安全和粮食工程3个本科专业，其中食品科学与工程专业为一本线上招生。实行卓越人才培养计划。