上世纪中国高等教育最令人瞩目的变革当属九十年代中国高校合并热潮，这场以“共建、调整、合作、合并”为指导思想的，历时十年，涉及近八百所高校的高等教育结构调整运动对中国高等教育的影响是深远的。对于此次合并的后果，人们有很多的争论：有人认为此次合并提高了办学效益、优化了高等教育结构、提高了人才培养质量，适应了我国社会经济发展的需要，有利于建设世界一流大学，能够提升中国高等教育竞争力；有人认为合并高校磨而不合，有规模无效益，合并成本高昂，且单科院校与综合性大学孰优孰劣还未可知。本研究以高校科研能力的变迁为切入点，通过对高校合并前后科研能力的变化判断高校合并对高校的影响。 前后比较法(又称企业经营能力综合指数法)是企业界在分析兼并有效性时时常采用的一种方法，其评价思路是比较兼并前后“企业经营能力综合指数”的变化，若兼并后这一综合指标大于兼并前，则说明兼并是有效的，反之则无效。本研究借鉴这一评价思路，以2000年合并的25所院校为样本，采用因子分析法，建立综合得分函数，利用SPSS统计分析软件计算这25所院校合并前后科研能力综合指数得分，分析综合指数得分变化情况及各主因子得分变化情况，据此判断合并的有效性。 数据分析的结果表明，合并对高校科研能力综合指数得分的影响比较微弱，即从整体上看，高校合并对高校整体科研能力没有明显的影响。通过对四个主因子的分析我们看到，合并后高校科研产出因子得分持续下降，即合并对高校科研产出能力有负面影响；合并后高校科研经费投入因子得分大幅增长，即合并对高校科研经费投入有积极的正面影响；合并后科研效率因子得分略有增长，说明合并高校科研效率有所提升；社会服务因子得分在合并后有了较大提升。