本研究从“系统生物学自组织方法论应该采取哪条进路”的问题入手，在对相关国内、外文献和案例进行收集、整理、比较分析的基础之上，聚焦两类主要系统生物学自组织方法论进路“下而上的机制派”和“上而下的模型派”之间的论战，围绕其各自相关的方法论群组的立场、机制、建模和科技等要素展开，对两派的优点及缺陷加以剖析和论证。　　首先，论文通过对研究背景、意义等问题的梳理，总结出“论战的主要议题是本研究关键切入点”的认识，并据此建立起论文写作的逻辑框架。其次，“机制派”与“模型派”基于各自的立场和研究方向展开彼此论战。其议题主要体现为:归纳还是演绎;还原还是整体，机制还是建模。第三，机制派的一方，从分子生物学和新系统生物学的角度，试图通过自下而上的方式，利用不断累积的机制类实验定理，渐进地构建出生物自组织的模型。机制派在做出重要贡献的同时也反映出自身的严重缺陷以及与模型派紧密联系的特征。第四，模型派的一方，试图通过自上而下的方式，利用与数学建模结合的实验生物学、分子生物学和组学的数据搜集，渐进验证出生物自组织的模型以及相关演绎的生物学机制。模型派在做出重要贡献的同时也反映出自身的不足及其与机制派紧密联系的特征。第五，鉴于机制派和模型派方法论的重要进步紧密联系于模型观、机制观和技术观发展的现实，我们发现在近些年新思维的带动下，系统生物学自组织的方法论研究也呈现出一种新的机制与模型融合的方向。这类新思维包括:经历了三次生物学范式革命后，归纳出现的生物是一种复杂自组织系统的新模型观;影响进化生物学和分子生物学机制的博弈论新机制观;以及以大数据、云计算、3D打印、全息照相和人工智能等新方法为代表的新一代科学技术观。第六，基于机制派和模型派彼此联系和相互补充的现实，通过分析、总结其理论渊源和实践的例证，进而论证并提出关于机制和模型并重的系统生物自组织方法论的哲学思想。