进入以科学技术为第一生产力的知识经济时代以来，技术创新在经济生产中凸显出越来越重要的作用，随着创新数量的大量累积更新，技术创新的周期也大为缩减。对于竞争激烈的高新技术产业而言，由于技术创新资源的有限性往往满足不了市场产生的创新需求，在创新方面面临的压力空前巨大。于是能够很好实现资源优势互补效应的合作创新开始广泛得到众多创新主体的重视。在多元化多层次的创新体系中高校以及企业是两大地位突出的创新主体，其中高校是重要的技术成果输出者，而企业是主要的创新资金投入者，这两者的有机结合是提升我国自主创新能力的重要途径。近年我国校企合作创新实践不断增多，并且取得了一定的成效。但是也普遍存在严峻的问题，具体表现在合作创新效率不够理想，导致现状的原因一方面是我国校企合作创新动力不足，无法充分激发合作主体的积极性，另一方面我国校企合作创新中存在利益分配不合理的现象。综合以上原因，本文有针对性地就校企合作创新的动力机制以及利益分配机制两方面的问题做了深入地研究。本文首先回顾了国内外关于校企合作创新的研究现状，对校企合作创新动力机制以及利益机制涉及的相关理论基础进行了充分地阐述；接着从内外两个层面通过分析了包括政府因素、市场因素、经济利益因素等等在内的能够促进校企合作创新关系建立发展的动力因素，以及这些因素之间是如何相互联系相互作用，构建出了校企合作创新的动力机制模型并对模型做出分析诠释；其次在校企合作创新的利益机制研究中，在确定了利益构成以及分配原则基础之上，借鉴纳什谈判思想分别以成本投入、风险承担以及核心能力作为谈判条件，结合模糊层次综合评价法实现量化计算构建出了校企合作创新的利益分配博弈模型；最后通过案例分析对A企业与B大学C学院的合作创新实践进行了深入探讨，就该校企合作创新实践的动力因素以及利益分配问题进行详细的说明。本文的研究不仅从理论上丰富了校企合作创新内容，对于提高我国校企合作创新效率也具备一定的切实意义。