目的:根据2007年、2008年新疆新型农牧区合作医疗基金筹资及运行情况,重新调整新疆新型农牧区合作医疗的起付线、封顶线及住院补偿比,通过以地区为统筹单位,统一补偿模式,从而实现整合资源,降低管理运行成本,提高工作效率,发挥基金效益,提高抗风险能力的目的,为实现全疆统一补偿模式提供理论依据。方法:按照经济发展水平、农牧民年均收入水平以及农牧民人口数量、分布,分别从南疆、北疆、东疆随机分层各抽取3地(州)2007年、2008年新型农牧区合作医疗补偿相关数据,再从抽取地州随机分层抽取3县(市)进行实地调研,调整患病率、就诊率、次均住院费用等指标,通过重新调整新型农牧区合作医疗的起付线、封顶线及住院补偿比,利用已经建立的公式和相关计算方法,运用SPSS16.0软件,对参合农牧民住院费用进行计算。结果:2007年、2008年新疆维吾尔自治区北疆地区、南疆地区、东疆地区,若将乡级、县级及县级以上医疗机构起付线分别设定为75元、70元、80元,200元、150元180元,470元、450元、480元,封顶线全部设为20000元,其住院补偿比例均为乡级医疗机构为70%,县级医疗机构为60%,县以上医疗机构为50%,各区在保持现有补偿水平的前提下,能够实现基金收支基本平衡。结论:新疆新型农牧区合作医疗制度实现以“区域为统筹单位”的经济条件、社会条件、心理条件已经基本具备,通过测算、检验评价,可以实现以“区域为统筹单位”的统一住院补偿模式,这不仅能有效提高筹资水平、受益面的公平性,而且可以有效引导就医流向,提高基金使用率。新疆新型农牧区合作医疗制度实现全疆统一住院补偿模式的条件尚未完备。